In den botanischen Sammlungen (Herbarium SZB) werden über 200.000 Belege von getrockneten Pflanzen, Pilzen und Flechten aufbewahrt. Sie sind ein unersetzbares Archiv, insbesondere des Bundeslandes Salzburg. Die ältesten archivierten Blütenpflanzen wurden vor über 400 Jahren gepresst – die getrockneten Exemplare von Buschwindröschen, Aronstab und Haselwurz sind bis heute nahezu unverändert.

Das Herbarium beinhaltet die Aufsammlungen sämtlicher Landesbotaniker und ist somit das Referenzmaterial für Landesfloren und wissenschaftliche Veröffentlichungen. Heute ist der Großteil der Farn- und Blütenpflanzen, Moose, Flechten und Pilze gut präpariert und wird bei konstanten Bedingungen gelagert. Für die etwa 6.000 in der Sammlung befindlichen Pilze liegen zum größten Teil Standortfotos bzw. Studioaufnahmen, ausführliche Beschreibungen und Zeichnungen der mikroskopischen Merkmale vor. Darüber hinaus ist mittlerweile ein wesentlicher Teil der Belegsammlung der Pflanzen in einer digitalen Datenbank enthalten, die Pilze sind vollständig erfasst.